Por su estatuto canónico, la Universidad Pontificia de México otorga grados universitarios en nombre de la Santa Sede, con validez internacional. Otorga tres grados académicos: Bachillerato canónico, Licencia canónica y Doctorado canónico.
La Facultad de Filosofía tiene como finalidad investigar con método científico los problemas filosóficos y, basándose en el patrimonio filosófico perennemente válido, buscar su solución a la luz natural de la razón, y demostrar su coherencia con la visión cristiana del mundo, del hombre y de Dios.
Profundiza en la investigación que brota de la contemplación del misterio de Cristo que actúa en la historia del género humano, bajo la luz de la Tradición y del Magisterio de la Iglesia Universal, se promueve el diálogo con las Iglesias y Comunidades Eclesiales no católicas, y con los no cristianos, y se responda a las preguntas planteadas por el avance de las culturas y sus expresiones doctrinales, para poder responder a la problemática y necesidades pastorales de la nación mexicana y de su contexto latinoamericano.
La enseñanza y la investigación teológica está orientada hacia una formación integral que permita a los alumnos asimilar la doctrina sagrada en sus varias dimensiones: bíblica, patrística, dogmática, moral, histórica, litúrgica, pastoral y espiritual; de tal manera que sus alumnos se formen para el oficio de investigación y enseñanza, para desarrollar diversas formas de pastoral especializada o para dialogar desde la fe con la cultura contemporánea, proporcionándoles una sólida base académica, para los diversos ministerios eclesiales.