La Universidad Pontificia de México está constituida por tres Facultades Eclesiásticas; la Facultad de Teología, la Facultad de Filosofía y la Facultad de Derecho Canónico; una Facultad Civil; la Facultad de Ciencias y Humanidades, en cuyo seno está la Carrera de Derecho; y el Instituto Superior de Ciencias Religiosas.
El Instituto Superior de Ciencias Religiosas busca ofrecer los principales elementos de la Teología y de la Filosofía en diálogo con las ciencias humanas, a fin de lograr una mayor profundización del hecho religioso.